++++ Executing new job on Mon Nov 29 08:44:38 2021 ++++ with the following command(s): `which relion_refine_mpi` --o Refine3D/job046/run --auto_refine --split_random_halves --i Polish/job045/shiny.star --ref Refine3D/job039/run_half1_class001_unfil.mrc --ini_high 5 --dont_combine_weights_via_disc --scratch_dir $RELION_SCRATCH_DIR --pool 30 --pad 2 --skip_gridding --ctf --particle_diameter 220 --flatten_solvent --zero_mask --solvent_mask MaskCreate/job021/mask.mrc --solvent_correct_fsc --oversampling 1 --healpix_order 3 --auto_local_healpix_order 4 --offset_range 5 --offset_step 2 --sym C1 --low_resol_join_halves 40 --norm --scale --helix --helical_outer_diameter 180 --helical_nr_asu 3 --helical_twist_initial -1.23 --helical_rise_initial 4.78 --helical_z_percentage 0.15 --helical_symmetry_search --helical_twist_min -1 --helical_twist_max -1.5 --helical_twist_inistep 0.01 --helical_rise_min 4.6 --helical_rise_max 4.9 --helical_rise_inistep 0.01 --sigma_tilt 5 --sigma_psi 3.33333 --sigma_rot 0 --helical_keep_tilt_prior_fixed --j 8 --gpu "" --pipeline_control Refine3D/job046/ ++++